設定する対象のサイトを選択します。
(権限設定により、画面が異なる場合があります。)

メニューからSSL/TLSを選択し、操作→新しいLet's Encrypt証明書
を選択します

問題がなければそのまま続行、発行するドメイン名を追加する場合は追加し、
作成し、インストールを選択します