編集するサイトを選択します。

File Managerを選択します。
htdocs/[サイト名] に入れたものが公開されます。

その他フォルダ（logsなど）を変更すると不具合が発生する可能性がありますのでお控えください。削除・変更したことが原因の不具合は対応いたしかねます。